全年经营活动的净现金流为1,766.08万元，同比减少48.42%，减少的主要原因为拨付给合作单位的项目款项增多。
此外，截止2016年12月31日，公司资产总额为15,621.14万元，比2015年年末减少907.21万元，减幅5.49%；所有者权益为8,068.77万元，同比增加24.62%。
项目重大变动原因：
营业收入增长29.23%，主要由于公司积极拓展业务、开发销售渠道等，公司业务稳步增长。
营业成本增加42.84%，主要为本期确认收入的合同中包含部分仪器配套外购产品或配件，此部分外购产品或配件的成本较高。
管理费用增加31.48%，主要为研发投入金额较大所致，本期总计投入研发费用3,323.48万元，较去年增幅46.93%。本期研发投入大的原因主要为多款新产品进入中试阶段，投入较大。
财务费用增加103.69%，主要由于利息支出增加16.17万，增幅87.72%，导致财务费用增长较多。
营业外收入增加38.08%，主要原因是根据国家相关补助政获取的各项科研项目补助1,663.99万元；根据《关于软件产品增值税政策的通知》(财税[2011]100号)等文件，收到自行研发软件产品销售所对应增值税实际税负超过3%部分的软件即征即退税收补助，金额为132.84万元。
营业外支出增加1,303.52%，原因为子公司昆山禾信2013年被认定为软件企业，可执行两免三减半税收优惠政策，昆山禾信从2011年开始盈利，按照政策2014年度开始应以减半征收所得税进行申报，然而公司经办人员对政策理解偏差，2014年仍以免征所得税进行申报，由此造成了纳税差异，公司已于2016年主动补缴了所得税及由此产生的滞纳金8.35万元。
净利润增加59.41%，原因有两方面：
(1)由于公司积极拓展业务，开拓销售渠道，带来销售业绩的增长；
(2)依据国家相关补助政策，本期获取的各项科研项目补助增加。
2016年是禾信仪器具有里程碑意义的一年，全年先后完成股份制改造，启动新三板挂牌辅导工作，完成禾信质谱产业化基地项目总体规划方案设计等重要事项。
报告中还介绍了全年重点经营计划：加强技术研发体系建设，培养核心技术团队，增强技术研制基础条件，持续提升技术创新能力，及成果转化能力；加强营销管理体系建设，加强营销队伍建设，继续引入高层次营销人才，加大市场推广力度；启动禾信质谱产业园建设项目，提升企业的产业化基础实力等。
